โครงสร้างของมหาธรรมกายเจดีย์ นั้นสร้างขึ้นจาก Super Structure Concrete ซึ่งเป็นคอนกรีตส่วนผสมพิเศษที่สามารถรับกำลังอัดได้มากกว่าโครงสร้างปกติถึง 3 เท่า พื้นผิวทั้งหมดไม่กระทบกับฝนและแดด ความร้อนและความเย็นก็ไม่กระทบโดยตรง จึงทนทานต่อการกัดกร่อนมากกว่า และสามารถอยู่ได้นานนับพันปี เสาเข็มขององค์มหาธรรมกายเจดีย์หล่อด้วยคอนกรีตผสมพิเศษหุ้มสแตนเลส เพื่อให้ทนต่อการกัดกร่อน

       ในครั้งพุทธกาล พระพุทธองค์ตรัสบอกกับพระอานนท์ถึงประเภทของมหาเจดีย์ไว้ว่ามี 4 ประเภท มหาธรรมกายเจดีย์เป็นมหาเจดีย์ 3 จาก 4 ประเภท ได้แก่

       1. ธาตุเจดีย์ ได้แก่ พระเจดีย์ที่บรรจุพระบรมสารีริกธาตุของพระสัมมาสัมพุทธเจ้า ซึ่งมหาธรรมกายเจดีย์ได้บรรจุพระบรมสารีริกธาตุไว้ภายใน

       2. อุทเทสิกเจดีย์ ได้แก่ พระพุทธรูป ซึ่งมหาธรรมกายเจดีย์มีพระธรรมกายประจำตัวด้านนอก 300,000 องค์ ด้านใน 700,000 องค์ และพระบรมพุทธเจ้าที่ประดิษฐานเป็นองค์ประธานอยู่ภายในส่วนโดมของมหาธรรมกายเจดีย์

      3. ธรรมเจดีย์ ได้แก่ สถานที่เก็บพระคัมภีร์ พระธรรมคำสอน และพระไตรปิฎก ตลอดจนตำราการเรียนรู้พระพุทธศาสนา ซึ่งมหาธรรมกายเจดีย์ได้บรรจุพระไตรปิฎก หนังสือ ตำราพระพุทธศาสนา และซีดีรอมวิชาบาลีไว้ในส่วนธรรมรัตนะด้วย